Simulation de génome : de 10 minutes à quelques secondes en réécrivant Python en C
Réécriture en C d'une simulation Python de la dynamique des éléments transposables, conception orientée données. Base du logiciel TEDyS et d'un article en 2025.
- Client
- LGDP, Université de Perpignan
- Période
- Octobre 2018 à octobre 2020
- Stack
- Python · C · Conception orientée données
- Résultat
- Simulation de 100 éléments : d'environ 10 minutes à quelques secondes
Le point de départ
Le Laboratoire Génome et Développement des Plantes modélise la dynamique des éléments transposables dans les génomes. La première itération de la simulation, en Python, mettait environ 10 minutes pour 100 éléments. Chaque exploration de paramètres coûtait des heures.
La livraison
Réécriture de la simulation de Python vers C, avec une conception orientée données : les structures mémoire suivent la façon dont le calcul les parcourt.
- Une simulation de 100 éléments passe d’environ 10 minutes à quelques secondes.
- Le laboratoire peut lancer des balayages de paramètres bien plus larges.
Aujourd’hui
Ces travaux ont servi de base au logiciel TEDyS et à une publication en 2025.